只要保证冷热两面间有足够的温度差（一般为70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑则认为冷凝步骤可以在瞬间完成，所以选择合理冷凝器的形式相当重要。由此可得，分子蒸馏的条件是：   
　　1、 残余气体的分压要低，使残余气体的平均自由程长度是蒸馏器和冷凝器表面之间距离的倍数。  
　　2、 在饱和压力下，蒸汽分子的平均自由程长度要与蒸发器和冷凝器表面之间距离具有相同的数量级。在这此合适的条件下，蒸发在没有障碍的情况下从残余气体分子中发生。蒸汽分子在没有遇到其它分子和返回到液体过程中到达冷凝器表面。蒸发速度在所处的温度下达到可能的大值。蒸发速度与压力成正比，因而，分子蒸馏的馏出液量相对较小。   
　　在SPE短程蒸馏中，冷凝器和加热表面之间的距离约为20~50mm，残余气体的压力为10-3mbar时，残余气体分子的平均自由程长度约为2倍长。短程蒸馏器能够达到分子蒸馏条件。
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