首先关注到的是压强，当蒸馏温度一定的情况下，压强越小也就是真空度越高，那么物料的沸点也就会越低。这样一来，轻分子从蒸发面到冷凝面的阻力也会随之减少，从而到好的分离效果。
    其次是温度和速度，温度所指的是蒸发温度，而速度是进料速度，不能太快也不能太慢，否则要么会因待分离组分还未蒸发就流到蒸发面底部而起不到分离作用，要么影响分离效率。
    另外与被蒸馏物质的性质有关，物质的相对挥发度越大，两者就越容易分离。除此之外，蒸发液膜的覆盖面积、厚薄和均匀度；携带剂的使用；物料中杂质等也都会影响到分子蒸馏的分离效率，可不能忽视了。